患有扁平疣的患者可在局部涂抹水杨酸类药物或者是维A酸类药物治疗；其次也可使用干扰素治疗，可抑制病毒复制，提高细胞的免疫力。患者也可通过自身免疫疗法治疗，可降低复发率。此外，患者也可通过物理方法进行治疗，如液氮冷冻、激光、电灼、刮除术等。扁平疣存在一定的传染性，患者在生活中要注意个人卫生，不要挠抓患处，若是手部接触到患处，需立即洗手，防止发生感染。