胃肠道菌群失调的主要症状有腹胀、腹痛、腹泻，因为胃中的益生菌减少，因此会使有害菌增加，会使病人胃肠蠕动减退以及过多的产气，因此发生腹胀、胃胀。当肠道菌群失调时，肠道粘膜就会被有害菌刺激，因此将肠道粘膜改变，发生腹泻。如果经常腹泻，还会使胃肠道的消化酶无法消化食物，因此造成食物中的营养也无法被吸收，因此形成营养不良，因此需要去医院进行对症治疗。