疑似患有手足口病的患儿需进行病原学和血清学检查，一般呼吸道分泌物和粪便样本中检测出病毒或血清病毒中和抗体浓度上升4倍以上即可确诊。但为便于医师确定感染范围和预测病情发展进程，患儿在确诊之后还有可能需进行血常规检查、C反应蛋白检查、血生化检查、末梢血白蛋白检查、血气分析、脑脊液检查、胸部X线、核磁共振、脑电图、超声心动图等诸多检测项目。