怀孕三个月同房后肚子疼可能是宫缩引起的，可能会影响宫内胎儿的供血供氧，严重者还会出现先兆流产的现象，出现阴道出血的现象。如果同房后肚子疼痛的症状持续数分钟即可消失，则一般不会对胎儿造成影响。疼痛持续时间较长时需要入院进行B超检查来了解宫内胎儿的生长发育。怀孕期间同房需要控制好频率以及同房的力度，同房时避免压迫孕妇的腹部，也不宜性生活频繁。